云南农业大学财务处是学校财会工作的管理机构，是负责全校财务管理的职能部门。在校党委、校行政领导下，依据《中华人民共和国会计法》、《事业单位财务规则》、《高等学校财务制度》、《高等学校会计制度》、《云南省会计条例》等国家有关法律、法规和财务规章制度，实行“统一领导、集中管理”的财务管理体制，负责学校资金的收支及核算工作，并结合学校实际，建立健全财务规章制度和内部控制制度，规范校内经济秩序。目前财务处设有财务管理科、计划管理科、会计核算科三个科室，承担学校资金的收支核算、工资核算、固定资产核算、公积金核算、基建会计等工作。